Auch die Art des verbauten Motors wirkt sich merklich auf den Preis, aber auch auf die Fahreigenschaften des E-Bikes aus. Die günstigeren Modelle haben meist einen Nabenmotor, entweder an der Vorder- oder Hinterachse. Ein solcher am Vorderrad ist besonders preiswert, verschiebt den Schwerpunkt des Rades jedoch ungewohnt und eher ungünstig nach vorne. Dadurch verändern sich die Fahreigenschaften deutlich, die Rutschgefahr erhöht sich und das Lenkverhalten wird generell unpräziser. Die bessere Wahl ist ein Nabenmotor am Hinterrad, der es jedoch nicht erlaubt, gleichzeitig eine Nabenschaltung oder Rücktrittsbremse zu verwenden.
In höherpreisigen E-Bikes ist im Regelfall ein Mittelmotor verbaut. Dieser befindet sich am Tretlager und unterstützt die Kraftübertragung direkt am vorderen Kettenblatt. Abgesehen von dem höheren Preis und der etwas stärkeren Belastung des Antriebs, hat ein Mittelmotor im Vergleich zum Nabenmotor sonst nur Vorteile: Die niedrige Position des Motors sorgt für einen tief liegenden Schwerpunkt, was sich positiv auf das Fahrverhalten auswirkt. Zudem sind Mittelmotoren generell sehr verschleißarm.